Запятая не нужна: разделительный союз либо здесь одиночный.

Здесь действует следующее правило.

При двух или нескольких управляющих словах общее зависимое слово допустимо тогда, когда каждое из управляющих слов требует того же падежа и предлога, например: читать и конспектировать книгу; подбирать и готовить кадры.

Наличие общего зависимого слова при различном управлении нарушает стилистическую норму, например: «с помощью и в сотрудничестве с местными организациями» (ср. правильный вариант: с помощью местных организаций и в сотрудничестве с ними).

Поэтому в Вашем случае верно: управление системой и контроль над ней. О предлогах при слове контроль см. в вопросе 277510.

Если существительные и прилагательные в сочетании с не обозначают непринадлежность к какому-либо разряду лиц или явлений, эти слова пишутся слитно. Поэтому в указанных примерах слова нееврей и нееврейский пишутся слитно.

Да, это орфограмма.

Существительное швея относится к числу слов, не имеющих мужский соответствий (другие примеры: повитуха, кружевница, машинистка в знач. 'женщина, работающая на пишущей машинке'). В таких случаях приходится подбирать синонимы, использовать описательные конструкции. Так, авторы справочника «Грамматическая правильность русской речи» Л. Граудина, В. Ицкович, Л. Катлинская вспоминают, что в Институте русского языка мужчину-«машинистку» в официальных документах называли переписчиком на машинке. Мужчину-«швею», вероятно, можно назвать портным или специалистом по шитью.

В современном русском языке в слове надежда приставка уже не выделяется. «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова предлагает такой вариант разбора: надежд-а. Исторически – да, это слово образовано от nadeti 'положить, поставить' – префиксального производного от *deti > деть  'класть, ставить'. Надежда буквально – 'то, на что полагаются'. Но это, подчеркиваем, исторический состав слова; при синхронном (современном) морфемном анализе выделение приставки на- и суффикса -жд- нецелесообразно.