1. ФГУП «Российский научный центр „Прикладная химия“» (классич. двойные кавычки)
2. ФГУП «Российский научный центр «Прикладная химия»
3. ФГУП "Российский научный центр "Прикладная химия"(")
Совсем плох третий вариант с двумя знаками в конце предложения. В остальном - вопрос не орфографический, не лингвистический. Скорее, вопрос типографской эстетики. Как лучше, Вы знаете: немецкие "лапки", конечно, отличный вариант для верстки, но есть ли "руки", чтобы их последовательно проставлять?
Последние ответы справочной службы
Запятая не нужна: союз как имеет здесь значение «в качестве».
Страница ответаДвоеточие после слова сообщение нужно (см. примечание к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).
Страница ответаТире поставлено верно, см. параграф 60 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина.
Страница ответа