Если речь идет о документации, то верно: её подготовки.

Какой из двух вариантов предпочтительнее — решать самому автору. Слово контроль многозначно (в чем нетрудно убедиться, если обратиться к материалам словарей, размещенных на нашем портале), тогда как отглагольное существительное контролирование отражает идею процессуальности, поэтому уместно в тексте, посвященном процессу.

Нужно согласовать определение с определяемыми словами: контроль за организациями и подразделениями (какими?), занятыми в реализации проекта.

Запятые расставлены правильно.

Если сочетание имеет значение приблизительного указания, ставится дефис: через месяц-полтора («то ли месяц, то ли полтора»). 

Корректно слитное написание.

В документах и научных работах нарицательное слово, которое указывает на определенный, названный ранее полно документ, пишут с прописной буквы довольно часто. Прописная выполняет здесь ту же функцию, что и определенный артикль. Однако такое употребление не предусмотрено правилами русской орфографии. Полагаем, что в Вашем примере достаточно указания на номер модуля, прописная буква не нужна.   

Запятая не требуется. Обратите внимание, что верно: В отсутствие лаборанта...

Если контролирующих двое, то правильна форма множественного числа. Обратите внимание: фразу нужно перестроить. Корректно сочетание: контроль за исполнением. 

Корректно: контроль за исполнением. Подробнее об управлении при слове контроль см. в словаре «Управление в русском языке» Д. Э. Розенталя.