В тексте правильно написание в кавычках: По сведениям из «Большой советской энциклопедии»...согласно «Югославской энциклопедии». Но пишутся без кавычек названия книг в сносках, отсылках, библиографических перечнях.
В документах правильно: Республика Беларусь, Республика Молдова, Республика Македония ("Бывшая югославская Республика Македония" - только в документах ООН). В литературе используются и неофициальные названия республик.