Проверяемыми или непроверяемыми чаще называют гласные буквы, которыми обозначаются редуцированные гласные звуки, то есть звуки, меняющие свое качество в безударной позиции и поэтому вызывающие затруднения у пишущих. Букву э проверять нужно (например, этно́граф — э́тнос, первую гласную в слове экономист можно проверить словами с побочным ударением экосистема, экоконтроль). 

Буквы у, ю, ы обычно в проверке не нуждаются: звук [у] обычно не меняет качество (изменяется только долгота), звук [ы] меняет, но вызывает затруднения редко.

Запятая не требуется.

Лучше так: на должность экономиста.

Предложение построено неудачно. Во-первых, сочетание закончить институт неправильно. Верно: окончить институт. Во-вторых, глаголы поступить и окончить по-разному присоединяют к себе существительное: поступить (во что?) в институт, окончить (что?) институт. Несогласованное определение экономист не требует отделения от определяемого слова знаком тире. Возможен такой вариант: С 1986 по 1991 г. обучалась в Алма-Атинском институте народного хозяйства по специальности «финансы и кредит». Присвоена квалификация «экономист».

Указанная запятая нужна.

Для написания этих слов с большой буквы нет никаких оснований.

Правильно именно с тире. Нужные рекомендации Вы найдете в полном академическом справочнике "Правила русской орфографии и пунктуации".

1. Лучше разбить предложение на части. Возможный вариант: Во время отсутствия экономиста его обязанности исполняет сотрудник, назначаемый в установленном порядке. Сотрудник имеет... 2. А что означает оперативно в этом случае?