Принятое написание: специальность 10.02.01 "Русский язык".
Действительно, второй вариант является наиболее употребительным в документации. Кавычки уместны и когда шифр отсутствует: направление подготовки "Ветеринарно-санитарная экспертиза".
Ударение на окончание в этих словах не переходит. Правильно: пароли, шифры.