Верно: был найден 41 фрагмент.

Предпочтительно без предлога, но возможны также контексты, в которых предлог потребуется.

Ударение падает на первый слог: осколок кОсти.

Допустимо.

Корректно без наращения.

Вариант кто-либо был кто-либо устаревает, в современном языке он встречается редко (а вот в языке XIX века он широко употреблялся: он был титулярный советник, она — генеральская дочь...). Современная норма: кто-либо был кем-либо.

Можно, смотря что имеется в виду.

Если цитата заключена в кавычки, то знак сноски должен ставиться сразу после закрывающих кавычек. Если же кавычки не ставятся (используется выделение курсивом), то уместно поставить знак сноски в конце последнего предложения, предваряющего таблицу.

После слов "в том числе" не нужно ставить запятую.

В таком контексте тук-тук, тик-так прочитывается как вставная конструкция, выделенная двойным тире и относящаяся, очевидно, к первой части контекста. Этой части противопоставлена вторая с помощью союза а, перед которым требуется запятая по общему правилу. Поскольку запятая после тире не ставится, она должна быть поставлена перед тире.