Слова в некоторых случаях не обособляются. Рекомендуем отделить запятой оборот в зависимости от условий произрастания, чтобы исключить разночтений: В зависимости от условий произрастания, в некоторых случаях та или иная фаза может не наступить.

Оба варианта верны.

Это не одно сложное слово, а два самостоятельных слова. Между ними ставится соединительное тире, например: петля фаза – ноль. Ср.: отношения учитель – ученик.

Ноль и нуль в свободном, не фразеологизированном употреблении равноправны. Но в некоторых устойчивых выражениях эти слова не взаимозаменяемы.
Только нуль в выражениях: остричь под нуль; быть равным нулю; на улице на нуле; на нуле кто-что-нибудь, с нуля начинать (начать); сводить (сводиться); свести (свестись) к нулю; довести (доводить) до нуля;
Только ноль в выражениях: ноль-ноль, ноль внимания, ноль без палочки,
Нуль и ноль в выражениях: абсолютный нуль (чаще о человеке) и абсолютный ноль (термин).
Прилагательные нолевой и нулевой закреплены в устойчивых выражениях: нулевое окончание, нулевая стрижка.

Думаем, здесь кавычки будут уместны.

В значении "начальный этап чего-либо" верно: нулевая фаза.