Верно: в кружок ходит 2021 ученик.
Пунктуация верна.
Выбор варианта зависит от смысла и контекста. Воспользуйтесь, пожалуйста, «Письмовником».
Да, мы бы исправили так же.
Форма единственного числа сказуемого указывает на общую совокупность предметов, форма множественного числа – на отдельные предметы. Поскольку в данном случае речь идет о процентах от общего числа учеников (а не отдельных учениках), предпочтительна форма единственного числа: 50 процентов учеников занимается в спортивных секциях.