Формы по урегулированию, при урегулировании и по урегулировании имеют разное значение. Выбор зависит от смысла предложения.
Корректно: Комиссия по урегулированию излишков/недостач, выявленных при совершении кассовых операций, хранении и перевозке ценностей, решила...
Предпочтителен второй вариант, но в канцелярской речи употребляется и первый. Запятая перед считаем не требуется.
Корректно: Минские соглашения (как собственное наименование).
Запятая не ставится.
Если слово наконец означает 'в результате', обособлять его не нужно. Подробнее об обособлении слова наконец см. в «Справочнике по пунктуации».
Правильно написание строчными (т. к. это не собственное наименование). Обратите внимание: в последнем издании «Русского орфографического словаря» РАН (4-е изд. М., 2012) зафиксировано слитное написание: нагорнокарабахский. Таким образом, правильно: нагорнокарабахский конфликт или просто карабахский конфликт (такой вариант употребляется чаще).