В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

Запятая нужна.

Нет, запятую ставить не надо.

Верно только: порвал договор подряда. Первый вариант непонятен.

Думаем, что Вам требуется юридический, а не лингвистический комментарий.

С точки зрения лингвистической глагол уничтожить может использоваться и без указания на действующее лицо: коррозия уничтожила маркировку кузова. Так что процитированный Вами отрывок регламента нельзя понять однозначно.

Хотя словари и допускают, что существительное холокост в современной публицистической речи может употребляться в переносном значении как синоним слова геноцид, т. е. по отношению к разным этническим, религиозным или социальным группам, всё-таки основное и главное значение этого слова – массовое уничтожение евреев в годы Второй мировой войны. Именно поэтому сочетание любой холокост выглядит странно.

ЛИКВИДАЦИЯ, -и; ж.
1.
Прекращение деятельности в результате упразднения чего-л. (предприятия, учреждения и т.п.). Л. треста. Завод закрылся в связи с ликвидацией.
2.
Уничтожение, прекращение существования кого-, чего-л. Л. неграмотности. Л. преступности.

Ликвидирование - от ликвидировать.

ЛИКВИДИРОВАТЬ, -рую, -руешь; св. и нсв. что.
Произвести - производить ликвидацию чего-л. Л. неграмотность. Л. химическое оружие. Л. группу фальшивомонетчиков. // Разг.
Физически уничтожать, пресекая чью-л. деятельность. Л. бандита в перестрелке. < Ликвидироваться, -руется; страд. Ликвидирование, -я; ср.

Слово ша, зафиксированное в толковых словарях русского языка с пометой «разговорное», выражает категорическое предложение, требование прекратить что-либо: Ша! Кончай работу!, а также обозначает решительный, энергичный отказ от действия: столько делал для тебя, теперь все, ша, хватит. Словари жаргонных слов фиксируют у слова ша значения 'приказ замолчать', 'конец, исчезновение, уничтожение', а также (устар.) 'милиционер, стоящий на посту'.