Верно: об исключении.
Правильно: Настоящим уведомляю, что заключение гос. контракта по итогам конкурса на условиях, предложенных ООО «Иванов», не является для него крупной сделкой. Обособляется причастный оборот.
Корректно: Уведомляем Вас, что в случае отсутствия ответа на вышеуказанные письма с приложением подписанного со стороны ООО «Рога и копыта» акта решение вопроса о начислении штрафов будет инициировано в судебном порядке.
Оба варианта корректны. Запятая ставится, если слова с учетом НДС выступают в роли попутного замечания, пояснения (и выделяются интонацией).
Запятые в этом предложении не нужны.