Непонятно, с каким значением Вы хотите использовать эту форму слова. Можно сказать: формы сотрудничества, виды сотрудничества, случаи сотрудничества.
Оба варианта правильные.
Верно: сотрудничество в чем-либо.
Эта аббревиатура употребляется как существительное женского рода (такая фиксация – в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко).
Лучше так (с точки зрения пунктуации): Благодарность за многолетнее действенное и плодотворное сотрудничество. Со смысловой точки зрения слова действенное и плодотворное дублируют друг друга, что-то нужно убрать.
Это неудачная формулировка. Обычно говорят: плодотворное сотрудничество.