С географическим термином река наблюдается тенденция склонять названия женского рода и не склонять названия мужского рода: на реке Томи, но: на реке Днепр.
Предпочтительно: реки Томи.
При отсутствии зависимых слов: томленый.
В данном случае томлённый - причастие (так как есть зависимое слово), поэтому следует писать две Н: томлённый под крышкой.