Верно: кальмары жареные в томате (сначала пожарили, затем добавили томат); кальмары, жаренные в томате (прямо в томате их и жарили).
Род. падеж ед. числа — томата, в значении 'паста' возможно томата и томату; род. падеж мн. числа — томатов.
Дело здесь в дифференцирующем написании. В «Русском орфографическом словаре» РАН под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой зафиксировано: миницикл (разновидность мотоцикла) и мини-цикл (к цикл). Неодинаковое написание помогает здесь отличить одно слово от другого.
Верно: томаты черри.
Предпочтителен первый вариант.
В обоих случаях следует писать одно н.
Два н требуется, например, в случае: томаты, тушенные с яблоками.
Грамматически верны оба варианта, хотя устойчивое употребление: в собственном соку.
Корректно: томаты "де барао".