Правильно: не только... но и
Оба варианта верны. Согласно «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка, Токио может употребляться и как существительное мужского рода, и как существительное среднего рода.
Запятая не нужна.
Вариант со второй частью а и некорректен.
Правильно: Чего только не бывает!