Правильно: указывает на то, что...
Слова в том числе не являются вводными. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Постановка знака препинания зависит от контекста, однако в большинстве случаев соответствующие обстоятельства (времени и места) не будут однородными и не будут обособляться.
Нет, употребление слова то в подобных конструкциях – ошибка (к сожалению, весьма распространенная).
Запятая после сделано нужна.
Корректно: выдана справка о том, что...