Если совет – первое слово официального названия, оно пишется с прописной: Совет при Президенте РФ по содействию развитию институтов гражданского общества и правам человека. Если совет –  не первое слово в официальном названии, оно пишется со строчной: Геральдический совет при Президенте РФ.

Если речь идет о высшем органе государственной власти в СССР, правильно: Верховный Совет.

Если речь идет о современных органах власти в некоторых субъектах Российской Федерации, наблюдается противоречие между рекомендациями орфографических словарей (Верховный совет, Государственный совет) и употреблением в официальных текстах (Верховный Совет, Государственный Совет). Например, орфографический словарь «Прописная или строчная?» В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой (М., 2011) фиксирует: Верховный совет Республики Хакасия, Государственный совет Республики Коми, но в официальной речи слово совет в этих названиях тоже пишут с большой буквы.

Правильно с прописной: Совет судей РФ.

В орфографическом словаре рекомендовано написание: Совет безопасности, однако в «Кратком справочнике по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» зафиксирован первый вариант (все слова с прописной).

Правильно: совет директоров.

Слова ученый совет пишутся строчными.

Выбор буквы зависит от того, как функционируют эти организации, насколько можно о них говорить как о самостоятельных организациях или как о частях организаций. Дело в том, что названия частей и отделов учреждений, организаций, а также слова типа президиум, ученый совет, совет директоров, правление и др. пишутся строчными (совет директоров ОАО «РЖД»). Если организации, о названиях которых Вы спрашиваете, обладают всё же самостоятельностью, пусть и находясь в структуре СО РАН, СПР России (т. е. они ближе к официальным названиям общественных  организаций, чем к названиям частей учреждений), то корректно написание с прописной: Совет молодых ученых СО РАН, Совет молодых литераторов Союза писателей России.