Корень приведенных Вами слов — скворч-. В этом корне ч чередуется с ц и появляется беглый гласный е, ср.: скворец, скворечник. От слова скворец образуется существительное скворушка (суффикс -ушк-), при этом сочетание ец, которое является суффиксом только исторически, усекается. Об истории слова скворец можно прочитать в статье «Большого универсального словаря русского языка» под ред. В. В. Морковкина. Обратите внимание: слово скворчонок пишется с гласной о.
Да, в слове скворушка выделяется корень сквор- (это слово образовано от скворец с помощью суффикса -ушк-, финаль -ец перед суффиксом -ушк- отсекается).
Корень скворец-. В современном русском языке нет слова, от которого образовалось бы существительное скворец с помощью суффикса -ец (если выделить корень сквор-).