Правильно: в селе Молчаново. Без родового слова: в Молчанове (предпочтительно) и в Молчаново (допустимо).
Как правило, в подобных случаях название не склоняется: в селе Боготол.
В селе = в сельском населенном пункте. На селе = вообще в сельской местности.
Предпочтительно: в селе Изобильном.