Предлог ПО в значении "после" требует постановки существительного в форму предложного падежа. В этом значении правильно: по заполнении.
Сексот - аббревиатура, расшифровывающаяся как "секретный сотрудник".
Написание зависит от контекста.
Нужно обособить пояснение с союзом то есть: сотрудничество между двумя правительствами по дипломатическим, т.е. секретным, каналам происходило...