Рекомендация такова: омикрон-штамм (ср. гамма-лучи), штамм омикрон (ср. рукав реглан).
Верно с одним н. Запятые нужны: Рукав, цельнокроеный с верхней частью переда, и т. д.
У глагола отвернуть есть значение "отогнуть, загнуть", то есть ровно противоположное тому, что Вам нужно. Вариант Припуск или манжету не подворачивать корректный и понятный.
Правило, о котором Вы говорите, касается существительных со значением лица по роду занятий. Такие существительные, называющие лицо или предмет, производящий действие, образованы с помощью суффикса -чик/-щик и мотивированы они, как правило, глаголами: перевозить – перевозчик, переплетать – переплетчик, обходить – обходчик, обмануть – обманщик. В таких словах, действительно, суффикс -чик пишется только после согласных Д, Т, З, С, Ж; после других согласных пишется суффикс -щик.
Теперь о слове шкафчик. В нем выделяется суффикс -чик, имеющий совершенно другое значение (т. е. здесь перед нами суффиксы-омонимы). Существительные, образованные с помощью данного суффикса -чик, имеют уменьшительное значение и мотивированы они именами существительными: шкаф – шкафчик, сарай – сарайчик, рукав – рукавчик, тулуп – тулупчик, костюм – костюмчик, стакан – стаканчик, самовар – самоварчик, стул – стульчик. Суффикса -щик здесь быть вообще не может.
Что касается других слов из данного задания ЕГЭ, то ни в одном из них нет суффикса -чик. В словах огурчик и мячик выделяется суффикс -ик, а в слове пончик -чик является частью корня.
В значении 'отделенный' верны оба варианта. Обрезанный может означать также 'укороченный'.