В таких случаях используют кавычки разного рисунка: АО «Московский завод "Рубин"». Если это технически невозможно, то в конце кавычки не дублируются: АО «Московский завод «Рубин».

Названия драгоценных камней пишутся строчными: алмаз, бриллиант, рубин, изумруд... Но собственные наименования камней пишутся с прописной буквы в кавычках: алмаз «Шах», бриллиант «Регент».

Дефис – это небуквенный орфографический знак, он используется в правилах слитного, дефисного и раздельного написания (контр-адмирал), как знак переноса, как знак сокращения (г-н, ж.-д.). Тире – пунктуационный знак, обозначающий различные синтаксические связи между словами («Рубин» – чемпион).

Возможны варианты. Если мужская фамилия Рубин используется в основном в иноязычных текстах, если это фамилия иностранца, то, скорее всего, женское соответствие к этой фамилии будет также звучать как Рубин.