Согласование формальное – по названию должности (т. е. по мужскому роду): Самарский государственный университет в лице ректора Ивановой Галины Ивановны, действующего...
Правильно: и. о. ректора, врио ректора.
Верно: и. о. ректора.
1. Правильно: и. о. ректора. 2. Правильно: в г. Москве. 3. См. в «Письмовнике».
Корректно дефисное написание.