По структуре это либо сложноподчиненное предложение (тогда перед например ставится запятая, как Вы и указали), либо предложение, имеющее вставную конструкцию.

Вставные конструкции могут располагаться не только в середине, но и в конце предложения и выделяются с помощью тире или скобок. Здесь вставная конструкция представляет собой целое предложение и отделяется тире.

Глаголы "присутствовать", "находиться" и "числиться" различаются в первую очередь смысловыми оттенками, в конечном счете выбирать Вам исходя из требуемого содержания. Если в Вашем случае нельзя избежать использования слов "в подведомственности", то следует просто руководствоваться толковым словарем. Обратите внимание на синонимические ряды (приводим синонимы только для актуальных значений): присутствовать = иметься, наличествовать; находиться = располагаться, быть, пребывать; числиться = "иметься у кого-либо или быть в каком-либо состоянии согласно записи, документу и т. п.". Просим также обратить внимание на то, что глагол "присутствовать" в указанном значении вполне корректно сочетается с неодушевленными существительными.

Кстати, сочетание "подразделение организации находится на территории, подведомственной определенному налоговому органу" кажется нам более удачным. Может быть, так и оставить?

Такие названия предпочтительно заключать в кавычки. В наименовании, построенном по модели «слово, написанное кириллицей, + слово, написанное латиницей» (слагаемые могут располагаться в любом порядке), оформленное кириллицей слово необходимо, с одной стороны, отделить от остального кириллического текста и, с другой стороны, объединить со словом, написанным латиницей, для того чтобы читатель понял, что перед ним цельное наименование. Обе эти функции как раз и выполняют кавычки.

Имеются в виду пункты анкеты или опроса? Вопросительный знак в таких случаях не нужен, уместнее поставить двоеточие, после которого будет располагаться "ответ". 

Правильно: расположатся.

Нет, сведения об ответственности располагаются перед сведениями об издании. Сведения об ответственности могут располагаться после сведений об издании лишь в том случае, если в подготовке именно данного издания приняли участие новые лица или организации и это оговорено в издании.

Подобный случай в доступных нам справочных изданиях не рассматривается. В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой приведен пример, когда область серии дается в конце записи, после указания общего количества страниц:

Социология и психология чтения. М.: Книга, 1979. 231 с. (Тр. / Гос. б-ка СССР им. В. И. Ленина; т. 15).

На наш взгляд, если в библиографической ссылке приводится не общее количество страниц, а делается указание на конкретную страницу, область серии (если она и вправду нужна) тоже логично размещать в конце записи, не разбивать выходные данные (место, год издания) и указание на страницу. Другими словами, корректен такой вариант:

Социология и психология чтения. М.: Книга, 1979. С. 44. (Тр. / Гос. б-ка СССР им. В. И. Ленина; т. 15).

Очевидно, речь идет об оформлении примечания переводчика. Примечания могут располагаться внутри текста (иней. – Прим. пер.) или внизу страницы. Подстрочные примечания, даже состоящие из одного слова, оформляются как предложения: начинаются с большой буквы и в конце ставится точка. Как правило, ведущее слово в примечании стоит в форме именительного падежа. После знака сноски ставится пробел.