Как правило, в подобных конструкциях употребляется винительный падеж.
Правильно: Оправданно ли было принимать такое решение?
В устойчивых сочетаниях с отрицанием при выражении дополнения отвлеченным существительным обычно используется родительный падеж: не будет принимать участия.
Правильно: принимать по две капсулы в день.
Оба варианта возможны. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».