См. в «Письмовнике». Если нет родового слова, то название может как склоняться, так и не склоняться. Если родовое слово есть, то название не склоняется.
Написание определяется принципом орфографии, который состоит в том, что морфема пишется единообразно: помощь, беспомощный — помощник, помощница, помощничек.
В принципе можно, запятая будет стоять перед вторым тире.
Может быть, "генеральной директрисы"? :)
Если говорить о названии должности безотносительно к полу лица, эту должность занимающего, то верно: помощник заместителя генерального директора.
Если нужно подчеркнуть, что помощник - женского пола, то корректно: помощница заместителя генерального директора.
А вот пол заместителя и директора в данном случае уточнять не обязательно.