Запятая ставится.
На месте всех скобок нужны запятые.
Корректно так:
И две сосны, как часовые,
Хранили маленькую ель.
Ни лютый зверь, ни вьюги злые –
Никто пугать ее не смел!
Фамилию Бугаря следует склонять. Однако не склоняют, например, французские имена и фамилии с ударным А или Я (Николя, Дюма и др.).