Написание слитное.
У глагола провести среди прочих значений есть следующие: "оформить, соблюдая все необходимые правила" (Провести счет через бухгалтерию. Провести сотрудника по штату. Провести приказом по институту) и "осуществить, произвести, выполнить какие-либо действия, работу" (Провести репетицию. Провести заседание. Хорошо провести урок. Провести соревнования. Провести уборку урожая).
Таким образом, сочетание провести платеж может употребляться в обоих смыслах, о которых Вы пишете.
Запятая перед пени не нужна.
Пунктуация правильная.
Верно слитное написание.