В сочетании с географическим термином река названия рек женского рода обычно склоняются: в долине реки Печоры.
Печора – Печоры, Печоре, Печору, Печорой, о Печоре.
Печоры – Печор, Печорам, Печоры, Печорами, о Печорах.
Сослаться можно, например, на «Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко, но вообще склонение этих названий ничем не отличается от склонения нарицательных существительных (просклоняйте, например, слово контора), т. е. здесь действуют те же грамматические нормы.
Орфографически верно написание Печоры, Псково-Печорский монастырь. Вариант написания названия через е существует, тем не менее все доступные нам орфографические и энциклопедические словари фиксируют только написание через о.
К сожалению, словарной фиксации найти не удалось.