Действительно, в своде правил 1956 года было такое правило: при переносе слов с приставками нельзя оставлять в конце строки при приставке начальную часть корня, не составляющую слога (неправильно: прис-лать, отс-транять; правильно: при-слать, от-странять).

Сейчас это правило смягчилось: речь идет уже не о строгой обязательности, а о предпочтительности переносов при-слать, от-странять при допустимых переносах прис-лать, отс-транять и отст-ранять (см.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006). Поэтому перенос ус-троились допустим.

Микроорганизм — неодушевленное существительное, поэтмоу верно: устранять вредоносные микроорганизмы.

Академический справочник под ред. В. В. Лопатина указывает такой перенос как допустимый. Вот цитата.

Если же в группе согласных часть принадлежит приставке или если вся группа начинает вторую часть приставочного слова, предпочтительно учитывать членение слова на значимые части. Предпочтительные переносы: под-бить, под-бросить, при-слать, от-странить. Допустимые переносы: по-дбить, подб-росить; прис-лать; отс-транить и отст-ранить.

Можно сказать: недочеты в области безопасности, связанные с безопасностью.

Написание гласной в корне этого слова лучше проверять в словарном порядке.