Запятые не нужны. Верно: в течение двух часов.
При таком строе предложения перед «то» может стоять только запятая.
Орфографически и пунктуационно верно: Простой, произошедший по вине администрации, оплачивайте в размере не меньшем, чем 2/3 среднего заработка сотрудника.