Верно слитное написание: неправильное.
Выражение "углубление знаний" вполне корректно, а вот оборот "знания по работе с... системами" не годится.
Возможны оба варианта. Причастие можно согласовать как с существительным: шесть бойцов (каких?) подозреваемых, так и с количественно-именным сочетанием: шесть бойцов (какие?) подозреваемые.