Как правило: по служебному несоответствию. Запятая ставится, если за нарушение служебной дисципины является уточнением. Правильно: стоимость выданного и неиспользованного обмундирования.
1. Тире возможно (как интонационный знак), но необязательно.
2. Предпочтительна форма единственного числа: форменного и специального обмундирования.
Запятая перед тире не требуется.