В словарях зафиксирована частица а, выражающая сильное удивление, восхищение или возмущение и занимающая заключительную позицию в вопросительном или восклицательном предложении. Следовательно, после нее возможен как тот, так и другой знак, а также их сочетание. Частица ну в подобной функции и в этой позиции в словарях не отмечена, но очевидно, что пунктуация при ней будет такой же, как при частице а.

Сочетание я сказал (я сказала), выражающее побуждение к прекращению или совершению каких-либо действий с оттенком угрозы, недовольства, возмущения и т. п., употребляемое в качестве дополнительной, повторной реплики для усиления значения побуждения, представлено лишь в «Синтаксическом фразеологическом словаре русского языка» В. Ю. Меликяна (М., 2013). В этом словаре содержится описание нечленимых предложений типа Вот это да!, Ну и как? и мн. др. Сочетание я сказал, таким образом, следует рассматривать в этом ряду. Постановка знаков препинания в случае, если подобный синтаксический фразеологизм включен в бессоюзное сложное предложение (в частности, является его первой частью, как в Ваших примерах), в справочниках по русской пунктуации не кодифицирована. Можно рекомендовать поставить запятую, как универсальный знак, отделяющий одну часть сложного предложения от другой (Я сказала, замолчи!), либо тире в соответствии с интонацией (Я сказала — замолчи!).

Запятая ставится, поскольку сочетание бедные девочки — поясняющее приложение к местоимению-подлежащему они. Это сочетание невозможно рассматривать как вводную конструкцию, потому что вводные конструкции не называют, даже оценочным образом, предметы, лиц и т. д.

Проснуться утром — выражение ясное и понятное. Фраза проснуться обедом может быть истолкована двояко. Если двусмысленность не предполагается, то стоит предпочесть традиционные варианты извещения о времени действия: в обеденное время, в обеденный час, в часы обеда, в обед.

Нужно выделить вводное слово конечно запятыми с двух сторон: ...ну и, конечно, от скуки. В остальном всё верно.

Предложение само по себе вопросительное, независимо от наличия вводного слова спрашивается, а значит, вопросительный знак нужен.

Нет, не в любом. Существуют так называемые нечленимые предложения: формулы речевого этикета вроде Пожалуйста, реплики типа Ну ладно, Да ты что? и т. п.

В этом предложении, воспроизводящем разговорную конструкцию, пропущен глагол речи (или какой-то заменяющий его глагол), так что союз и здесь соединяет, по сути, два однородных сказуемых, а следовательно, запятая не нужна. Сравним: Иногда ты видишь по-настоящему жуткие вещи и такой говоришь (фыркаешь): «Пфф… ну что это?» Знаков после кавычек не требуется, так как внутри кавычек уже есть знак конца предложения – вопросительный.

Взял и приготовил – экспрессивно окрашенное «несвободное соединение словоформ» (Грамматика-80. Т. 2. § 2200), которое считается осложненным простым глагольным сказуемым. См., например, учебник для вузов «Современный русский язык» под ред. Н. С. Валгиной (М., 2002). 

В этом случае говорящий цитирует сам себя, тут же утверждая, что цитата неточная. Корректно следующее оформление фрагмента: А я что, сказал «сорок»? Да нет же, тридцать...