Корректно с предлогом от (т. е. имеется в виду, что налет образовался в результате воздействия никотина и выхлопных газов).
Правильно: и. о. генерального директора Никитину.
Отчества от имени Никита - Никитич, Никитична.
См. в «Письмовнике».
Смысл документа от этого не изменится, но вежливее все же поставить инициалы перед фамилией.
В этом случае стоит обратиться за справкой в Институт русского языка РАН: http://www.ruslang.ru/agens.php?id=admin