Верно: необъяснимых (чем?) логикой.
Правильно: мучивших. Плохо: необъяснимых тайн, ведь тайна – это уже что-то неразгаданное, необъяснимое. Лучше: тайн и необъяснимых событий.
Знаки препинания расставлены верно. Запятая служит для обособления пояснительного члена предложения, а тире ставится по общему правилу между подлежащим и сказуемым.