Вы правы: горгона – нарицательное существительное, оно пишется строчными. С прописной пишутся имена горгон – Сфено, Эвриала, Медуза. Ваше замечание мы обязательно передадим главному редактору «Большого толкового словаря» С. А. Кузнецову.
Да, эта фамилия склоняется (и мужская, и женская): Негоды, Негоде и т. д.