Запятая поставлена правильно.
Верно: налилА.
См. также в "Проверке слова".
Толковый словарь под редакцией Д. Н. Ушакова издавался с 1935 по 1940 гг. Он отражает орфографию до принятия «Правил русской орфографии и пунктуации» 1956 г. Современное написание: в силу.
Правильно: Данилу (от Данил) и Даниле (от Данила).
Оба варианта возможны. См. также: Какой падеж нужен при отрицании?
Тире не требуется.
Возможны варианты: налил кефира, налил кефиру (вариант с -у разговорный), налил кефир (если имеется в виду весь имеющийся кефир).
Запятую ставить не нужно.