Правильно: Программист категории «ведущий специалист» назначается на должность приказом генерального директора.
Верно: На должность заведующего терапевтическим отделением... Подробнее см. в вопросе 243193.
Лучше написать "после выпуска" или "по окончании учебы".
Да, нужно.
Запятая после сообщить нужна.
Именно поэтому и ставится тире, чтобы избежать двусмысленности, отграничить первую часть интонационно и по смыслу.