Археологический заповедник, названный по географическому объекту, должен сохранить написание исходного названия. Если слово могила (как местный термин) входит в название географического объекта, то оно записывается с прописной буквы (подробнее об этом см. в правилах употребления прописных и строчных букв в географических названиях, § 1). Таким образом, написание названия заповедника с двумя прописными буквами обоснованно. 

Правильно: безымянная могила.

Спасибо! Сочетание братская могила пишется со строчной буквы.

Словарная фиксация: Неизвестный Солдат: Могила Неизвестного Солдата (см.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012). Аналогично: День Неизвестного Солдата. Такое же написание – и в официальном документе.

В названии памятника все три слова пишутся с большой буквы: Могила Неизвестного Солдата.

Эти фамилии склоняются (и мужские, и женские), как соответствующие нарицательные существительные.