Археологический заповедник, названный по географическому объекту, должен сохранить написание исходного названия. Если слово могила (как местный термин) входит в название географического объекта, то оно записывается с прописной буквы (подробнее об этом см. в правилах употребления прописных и строчных букв в географических названиях, § 1). Таким образом, написание названия заповедника с двумя прописными буквами обоснованно. 

Да, окончание -е – типичное окончание предложного падежа для существительных второго (по школьной грамматике) склонения. Однако у некоторых слов (их не больше 100) в предложном падеже встречается окончание -у (как правило, в обстоятельственном значении места, реже состояния или времени действия): в лесу, на мосту, на берегу, в носу и др. Это так называемый местный падеж (локатив) – одно из подзначений предложного падежа. В изъяснительном значении предложного падежа у таких слов употребляется окончание -е, ср.: говорить об аэропорте (изъяснительное значение) – находиться в аэропорту (местное значение), вспоминать о доме – работать на дому.

Корректно: Большая каменная река. Сочетание каменная река выступает как местный географический термин, собственно названием является слово Большая. 

Запятая не нужна.

В науке есть разные точки зрения на количество падежей в русском языке. Если исходить из того, что падежей шесть (такая система принята в школе), то существительные стоят в предложном падеже. Иначе можно определить падеж существительных как местный.

Местный падеж имеет особые окончания у некоторых существительных мужского рода (говорить о лес-е — находиться в лес-у), у большинства же существительных местный падеж совпадает с предложным падежом (говорить о стол-е — находиться в стол-е).

Предложение написано верно (непрогнозируемых — слитно).

Форма в дендросаду корректна.

Орфографический словарь

Слоговые аббревиатуры (т. е. аббревиатуры, состоящие из сочетания начальных частей слов, напр.: местный комитет – местком, продмаг, завхоз, комсомол) с основой на согласную относятся к словам мужского рода I склонения (Русская грамматика. М., 1980. § 588). Поэтому слова Мининфоком, Госкомтуризм склоняются.

«Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко (М., 2010), адресованный работникам СМИ, фиксирует вариант Шальчининкский. В «Словаре географических названий» Е. А. Левашова (СПб., 2000) – два варианта: Шальчининкский (он  отмечен как местный) и Шальчининкайский.

Как таковой местный падеж в русской грамматике обычно не выделяется. Так что это вариант предложного падежа.