Правильно: Райнера Марии Рильке, Райнеру Марии Рильке и т. д.
В "Словаре собственных имен русского языка" Ф. Л. Агеенко сказано следующее: "В сложных западных именах и фамилиях, соединенных дефисом, склоняется последнее слово".
Согласно этой рекомендации, следует склонять только вторую часть фамилии. Второе имя склоняется: Давида Марии Мюллер-Мееркатца.
Правильно: книги Эриха Марии Ремарка.
Вы правы, формы совпадают.
Творительный падеж: Марией.
Да, фамилия склоняется.
Да, эта фамилия склоняется: Милиша, Милишу и т. д.
Женские имена на -ия имеют в дательном падеже окончание -и. Правильно: выдан Юлии, Наталии, Виктории, Марии, Лидии и т. п. Буква Е в дательном падеже пишется, только если ударение падает на последний слог (как правило, в именах восточного происхождения): Альфия – Альфие, Алия – Алие, Зульфия – Зульфие и т. п.