Приведенное Вами наименование может писаться строчными буквами, ср.: факультет журналистики, кафедра общего языкознания, отдел культуры русской речи. Однако если в университете есть другие научно-исследовательские лаборатории и уже устоялось их написание с заглавной буквы, то новое название нужно писать по аналогии.
Сокращение возможно. Обратите внимание: в скобках вместо дефиса нужно поставить тире с пробелами.
Ваша интерпретация смыслов соответствует значению первых компонентов слов. Однако в текстах, по нашим наблюдениям, написания пенорожденная и пенн
Опираясь на значение, можно обосновать написание с одним н: пенорожденная ― рожденная из пены, в морской пене. Однако, по-видимому, на написание влияет модель сложных слов, образовавшихся сложением основы прилагательного с основой причастия. Ср.: новорожденный, мертворожденный, живорожденный, законнорожденный, животрепещущий. При сложении основы прилагательного пенный с причастием удвоенная н сохраняется.
Слово пен(н)рожденная родилось в поэтическом языке, в подражание эпитетам Гомера. Вероятнее всего, это произошло в начале 20 века. Приведем несколько примеров той эпохи:
Ткань Ореад ― лазурный дым
Окутал кряж лилово-серый;
Она ж играет перед ним
С пенорожденною Киферой.
В. И. Иванов (1902)
К пеннорожденной Афродите
С нежданной силой я взывал
И громом песен поражал
Аидских змей живые нити.
А. И. Тиняков (1908)
Эпитет может употребляться и как перифраза:
В одной руке держала она плод, другую опустила, целомудренным движением закрывая наготу свою, как
Пеннорожденная. (Д. С. Мережковский. 1905)
Поэтическая речь – экспериментальная лаборатория языка. Здесь не только создаются новые слова по существующим моделям, но и пробуются новые модели, соединяется несоединимое, возможны и орфографические эксперименты. Для поэта особую ценность имеет звучание слова. Благодаря удлинению первого н создается аллитерация: пеннорожденная.
В заключение добавим интересный факт. У слова пен(н)орожденная мы обнаружили предшественника. В. К. Тредиаковский в поэме «Телемахида» – переводе французского романа «Приключение Телемаха» – вводит неологизм пенородная.
Случай сей показался сном всем спасшимся мною;
Начали так на меня взирать в удивлении зельном.
Мы на остров приплыли Кипр в том месяце вешнем,
Кой издревле есть посвящён Афродите Богине.
Время сие, по Киприйцам, прилично сей пенородной…
Превращая французский роман в русскую «ироическую пииму», В. К. Тредиаковский обогащал ее язык эпитетами, не свойственными источнику, но типичными для гомеровского стиля. Словотворческий опыт поэта-экспериментартора был воспринят поэтами XIX и ХХ веков.
С точки зрения языка оба варианта правильные, решать вам.
Правила, предписывающего в таких случаях использовать дефисы, нет. Корректно: лаборатория на чипе (возможно в кавычках, чтобы показать читателю, что это условное название).
Название, заключенное в кавычки, не изменяется: генеральному директору ООО «Лаборатория СЭТЭГ плюс».
Названия подразделений в организациях пишутся со строчной буквы.
Корректно: Общество с ограниченной ответственностью «Научно-производственная лаборатория "Протон"» заключило договор.
Нет, запятая не нужна.
Правильно.