Во-первых, не нужно повторять нарицательное слово, достаточно одного. Во-вторых, сочетание нарицательного существительного с препозитивным прилагательным, если существительное сохраняет свое значение, может быть осмыслено пишущим:
а) как сочетание имени собственного, выраженного прилагательным, с нарицательным именем — тогда только определение пишется с прописной буквы, напр.: Скупой рыцарь, Снежная королева, Спящая красавица, Мертвая царевна, Шемаханская царица, Солунские братья, Белый генерал (о М. Д. Скобелеве), Великий комбинатор (об Остапе Бендере), Вечный жид, Маленький принц, Железный хромец (о Тамерлане — Тимуре ибн Тарагай Барласи), Зеленый рыцарь, Великий инквизитор, Орлеанская дева, Синяя птица, Железный дровосек;
б) как единое сложное имя — тогда все слова пишутся с прописной, напр.: Серый Волк (волк по прозвищу Серый Волк). Такое понимание встречается в основном в переводной литературе, напр.: Белый Кролик, Дикая Кошка, Скалистый Змей, Двуцветный Питон.
Прописная буква в нарицательном имени используется, если его значение в имени преобразуется, например: Прекрасная Дама, Орлеанская Дева, Синяя Птица — здесь и Дама, и Дева, и Птица становятся символами.
Сочетание можно осмыслять по-разному, то есть по-разному определять границы имени собственного, и в зависимости от осмысления выбирать графическую форму. Запятая возможна, если считать красный нос приложением, также возможно тире. Дефис объяснить труднее. Можем осторожно предположить, что с помощью дефиса хотели показать слитность, цельность сочетания, которое присоединяется к первой части имени как единый компонент. О собственных именах с приложением можно прочитать в научной статье «Прописные и строчные буквы в собственных именах, прозвищах, псевдонимах, кличках: Проект академических правил».
В обоих случаях правилам соответствует написание с заглавных букв (Красный Перекоп, Щегловская Засека).
Знаки препинания расставлены верно, указанная запятая нужна.
Словарной фиксации нет. Преобладает написание со строчной буквы, этой тенденции и нужно следовать.
В правилах недостаточно разъяснений о том, от чего в подобных предложениях зависит выбор двоеточия и тире. На наш взгляд, тире нужно ставить в том случае, если главную информацию передают однородные компоненты, на них падает логическое ударение. Двоеточие нужно поставить, если главное в предложении то, сколько было предметов, логическое ударение падает на словосочетание с количественным значением. Информация о том, какие были предметы, второстепенная, дополнительная.
Более вероятна такая расстановка знаков:
Открытие произошло на стыке двух наук — математики и физики.
В набор входит три карандаша: синий, красный и зеленый.
В приведенных Вами названиях второе слово должно начинаться с прописной буквы: мкр-н Чистые Поляны, мкр-н Красный Ключ.
Верно со строчных: красный канадский кедр.
В значении 'полевое укрепление в форме тупого угла, обращенного вершиной к противнику' (Багратионовские флеши) используется заимствование из французского языка, которое в русском языке стало существительным женского рода и поэтому пишется с мягким знаком.
Заимствование из английского языка флеш в русском языке многофункционально. Это и первая часть слов, и самостоятельные слова. Вот выборка из академического орфографического ресурса слов с начальным флеш:
флеш-... – первая часть сложных слов, пишется через дефис
флеш1, -а, тв. -ем (бот.; сообщение)
флеш2, неизм. и -а, тв. -ем, м. (программ.)
флеш-анима́ция, -и
флеш-ба́ннер, -а
флешбэ́к, -а (кинематографический прием)
флеш-ди́ск, -а
флеш-зо́на, -ы
флеш-игра́, -ы́
флеш-интервью́, нескл., с.
фле́шка, -и, р. мн. -шек (разг.)
флеш-ка́рта, -ы
флеш-кли́п, -а
флешмо́б, -а
флешмо́бер, -а
флешмо́берский
флешмоби́ст, -а
флеш-му́вик, -а
флеш-нови́нка, -и
флеш-ОЗУ́, нескл., с.
флеш-па́мять, -и
флеш-ПЗУ́, нескл., с.
флеш-пле́ер, -а
флеш-пози́ция, -и
флеш-рекла́ма, -ы
флеш-са́йт, -а
флеш-сообще́ние, -я
флеш-техноло́гия, -и
флеш-фа́йл, -а
флеш-эффе́кт, -а
Существительное женского рода флеш, синонимичное словам флеш-память, флешка академическим «Русским орфографическим словарем» пока не фиксируется, пишется преимущественно без мягкого знака, вероятно под влиянием множества слов с начальным флеш-.