Такие деепричастия неупотребительны.
Какое лексическое значение должен иметь такой глагол?
Возможно: оплата при помощи электронного кошелька.
Достаточно подставить вместо одушевленного неодушевленное существительное или существительное 1-го (по школьной грамматике) склонения, где родительный и винительный падеж не совпадают даже в случае одушевленности. Мы купили цветок. Я увидел девочку. Винительный падеж.
На наш взгляд, оба варианта не вполне корректны. Возможный вариант: нет комиссии за пользование мобильным кошельком.
Оба варианта верны.