Да, эти слова могут выступать как вводные. Но в Вашем примере слова "а по-хорошему и" начинают обособленный оборот, поэтому после них запятая не ставится. Корректно: Нужна была замена сальников, а по-хорошему и коленвалов.
Правильно: какие бы коленца ни выкидывала...