Словари сообщают, что существительное виноград употребляется только в форме единственного числа, и, следовательно, она используется не только тогда, когда обозначается кисть с множеством ягод, но и в случаях, когда передается значение множественности разных кистей.

Запятая уместна. 

Нам не удалось найти точного правила в справочниках, но в одном из примеров сложная вставка оформлялась именно так: слово после скобок — с маленькой буквы, начало второго предложения — с большой: Имея умысел на пакость (какая прелесть! Сорванец!), он долго думал, где взять кисть.

Второе тире нужно, но лучше написать с запятыми: ...в то время как ее дистальная часть, кисть, является подвижной.

В толковых словарях русского языка слова кулак 'кисть руки со сжатыми пальцами' и кулак ''богатый крестьянин-собственник' даются в разных словарных статьях. Это омонимы.