Возможное написание: Ковчег Завета.
1. Верное написание: энкавэдэшный. Это разговорное слово.
2. Пожалуйста, поясните вопрос. Это жаргонное слово, но если есть необходимость использовать именно его - оно должно быть использовано.
3. Мы бы написали все строчными.
Это так. Но такое написание будет уместно лишь в том случае, когда Вы хотите подчеркнуть, что речь в тексте идет не просто о русской армии, а именно о Русской императорской армии.