Написание местоимения не закреплено в словарях. Вариант написания нужно выбрать в соответствии с произношением.
Оба варианта верны: в цехе и в цеху.
В науке есть разные точки зрения на количество падежей в русском языке. Если исходить из того, что падежей шесть (такая система принята в школе), то существительные стоят в предложном падеже. Иначе можно определить падеж существительных как местный.
Местный падеж имеет особые окончания у некоторых существительных мужского рода (говорить о лес-е — находиться в лес-у), у большинства же существительных местный падеж совпадает с предложным падежом (говорить о стол-е — находиться в стол-е).
Возможны оба варианта.
Варианты в цехе и в цеху равноправны, если слово цех употребляется в значении 'отдел промышленного предприятия'. В значении 'средневековая организация ремесленников' правильно только: в цехе.